《X档案》第三季的故事围绕着FBI副局长沃尔特·斯金纳成为一起谋杀案的主要嫌疑人展开，这起案件涉及到他在被害女子死亡之夜的行动。面临着上级领导的封口和唯一线索是一个神秘的老妇人，穆德和斯嘉丽成为了他唯一的证明清白的希望。

本季的故事开始于一宗引人注目的谋杀案。一名年轻女子被发现死于自己住所中，并且死亡时间与副局长斯金纳在一起的那个晚上吻合。斯金纳正在与女子发展一段虚与实的关系，他们之间的联系成为了这起案件的关键线索。

随着调查的深入，斯金纳渐渐成为了警方最重要的嫌疑人。面对这个局面，斯铎和穆德不得不行动起来，为他寻找确凿的证据来证明他的清白。然而，上级官员对此并不满，他们试图封锁真相，不让案件继续调查下去。

幸运的是，穆德和斯嘉丽并没有被各种压力击倒，他们坚信斯金纳是无辜的。他们展开了一系列的调查，试图揭开真相。在他们的研究过程中，他们得知了一位神秘的老妇人，她貌似与案件有着莫大的关联。

为了找到这位老妇人并揭开她背后的秘密，穆德和斯嘉丽需要跟踪各种线索，寻找各种证据。在这个过程中，他们与美琳达·麦格劳、尼古拉斯·李和威廉·B·戴维斯等人展开了合作，一同追逐着真相。同时，穆德和斯嘉丽也意识到，他们也许会面临巨大的危险，因为他们的敌人总是潜伏在黑暗之中。

随着调查的深入，穆德和斯嘉丽逐渐发现这个案件并不像表面上看起来那样简单。他们不仅要找出真凶，还要揭开背后的阴谋。他们发现这一切都牵涉到更大的力量，是一场超越想象的阴谋。

在与时间的赛跑中，穆德和斯嘉丽必须挖掘出副局长斯金纳的过去，了解他与这起案件之间的关系。他们试图通过调查更多的证据，找出真相，并将其带到光明之中。

这是一场关于力量、阴谋和真相的斗争。《X档案》第三季带领观众进入了一个扑朔迷离的世界，穆德和斯嘉丽将与邪恶势力斗争到底，为了正义和真相，他们将不惜一切代价。